Die Marie-Luise-Kaschnitz-Schule kooperiert mit allen Stammschulen ihrer Schülerinnen und Schüler. Sie arbeitet auch mit den Schulen zusammen, die Kinder und Jugendliche aufnehmen, die nach ihrer Entlassung aus der Klinik nicht an ihre Stammschule zurückkehren können. Weitere Partner sind Schulen, die Schulversuche ermöglichen,  die aufgrund der räumlichen Entfernung in der Stammschule nicht durchführbar sind.

Kooperationspartner sind auch Ärzte, Therapeuten, das pädagogische und pflegerische Personal und die Sozialarbeiter der Klinik, Jugendämter, das staatliche Schulamt, das Regierungspräsidium und natürlich auch die Eltern.